Os noticiários por todo o mundo tratam em suas reportagens, com mais ênfase nas últimas semanas aqui no Brasil, sobre as variantes do novo coronavírus. O Sars-CoV-2, vírus que dá origem a Covid-19, já fez milhões de vítimas no planeta, e assim como os demais vírus, tem capacidade de sofrer mutações. Quanto mais o vírus circular, maiores as chances de erros no processo de replicação viral e surgimento de novas variantes.

Neste sentido, muitos pesquisadores debruçam-se a estudar o SARS-CoV-2 desde que os primeiros casos surgiram. Boa parte destes cientistas estão dentro de universidades, trabalhando em parcerias público e privadas para encontrar soluções que melhor atendam à população. As vacinas são um exemplo disso. Entre os muitos trabalhos realizados, para além do diagnóstico e prevenção, está o sequenciamento genético, o que possibilita análises mais aprofundadas sobre a Covid-19, como monitoramento da propagação e evolução do vírus.

Na Universidade Federal de Santa Maria (UFSM), a sobradinhense Thaís Regina Y Castro, aluna de doutorado do Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, auxiliou durante um ano no diagnóstico laboratorial de casos Covid. Atualmente, integra a equipe do Laboratório de Bioinformática aplicada à Microbiologia Clínica, no Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Sob coordenação da professora Priscila de Arruda Trindade, e junto de mais uma aluna do mestrado, há aproximadamente um mês trabalham em parceria com a Secretaria Municipal de Saúde de Santa Maria no sequenciamento de amostras do coronavírus de casos positivos selecionados, para identificação de possíveis mutações, como a variante Delta, cepa considerada mais contagiosa e que até esta quinta-feira, 22, contabilizou três casos no Estado e outros permanecem em análise.

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Conforme Thaís, inicialmente na UFSM foi feita uma força tarefa para realização de diagnóstico por RT-PCR, técnica padrão-ouro, a mais utilizada para identificar o Sars-CoV-2. “Com a emergência de variantes mais transmissíveis e a cobertura vacinal ainda baixa, além da detecção dos casos positivos, é fundamental monitorar as variantes que circulam em nosso meio”, destacou a jovem, acrescentando que, quando se tem uma determinada variante em circulação, às vezes é preciso adotar medidas menos flexíveis. “O principal aspecto é tentar contê-la o mais breve possível”, mencionou.

O sequenciamento genético do vírus é uma das formas de identificar as variantes. “As principais linhagens que se tem hoje são chamadas de “variantes de preocupação” (VOCs), são a Alfa, Beta, Gama e Delta. A Gama é a P1, que temos atualmente circulando no Brasil em maior quantidade. Então, o sequenciamento genético é feito para ver quais os nucleotídeos que compõem o genoma do Sars-Cov-2, e aí, dependendo de onde tem nucleotídeos diferentes, esse vírus pertence a uma linhagem ou outra”, explicou.

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Segundo a professora Priscila, o trabalho de sequenciamento foi possível a partir da participação da UFSM na pesquisa da vacina da Oxford/AstraZeneca, coordenada pelo Prof. Dr. Alexandre Schwarzbold, viabilizando verba através de parceria público-privada. Ainda, de acordo com a professora, é preciso sempre acompanhar a evolução do vírus para conseguir detectar situações que sejam problemáticas e instituir rapidamente medidas de controle. “Por exemplo, com os dados que temos da literatura até o momento, a variante Delta não causa doença mais grave, mas se transmite muito rapidamente. Então, conseguirmos detectar essa variante vai nos permitir tomar as medidas de controle mais adequadas para evitar sua disseminação, porque ainda temos uma cobertura vacinal muito baixa. Com pouca gente vacinada, se deixamos uma variante dessa se disseminar, estamos dando mais chance ainda para o vírus fazer outras mutações”, enfatizou.

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O processo de sequenciamento leva algumas horas em cada etapa (ao final do texto) e exige dedicação e muitos estudos pela equipe. “Eu já trabalhava com sequenciamento desde o mestrado, em 2017. Esta técnica que usamos agora sempre me interessou, mas nunca havia trabalhado com ela aqui no Laboratório. Quando abriu edital em abril de 2020 no meu programa de Pós para trabalhar com pesquisas sobre Covid, submeti um projeto sobre sequenciamento. E agora neste ano, se viu ainda mais a importância desta área”, acrescentou.

Para Thaís tudo é um aprendizado constante. “Estou tendo uma oportunidade que não imaginava ter aqui em Santa Maria. A Universidade está caminhando lado a lado com grandes centros de pesquisa, tanto do Brasil quanto mundo afora. Está sendo uma experiência ímpar, não apenas para meu aprendizado, mas um futuro lá na frente. E também a comunidade acaba ganhando, pois presto um serviço, então todo conhecimento que eu já tinha se traduz em qualidade de resultados gerados por nosso trabalho”, enfatizou, acrescentando o importante papel das universidades na sociedade. “Desde o começo da pandemia queria fazer minha parte para que a gente pudesse sair o mais cedo dessa. Uma forma de fazer isso é me cuidando e cuidando daqueles que estão perto de mim, e ainda oferecendo meu trabalho, da forma como puder ajudar”, frisou.

Etapas do sequenciamento

Técnica: sequenciamento de genoma total de SARS-CoV-2 
Equipamento utilizado: minION

1. Amostra é coletada (swab da naso/orofaringe) e realizado o diagnóstico laboratorial por RT-PCR – algumas positivas são encaminhadas para o sequenciamento;
2. Extração do RNA do vírus (leva em torno de 2h) – esta etapa precisa ser feita em cabine de segurança biológica – a partir daqui o vírus fica inativado/ não é capaz de causar infecção; as demais etapas podem ser realizadas em bancada;
3. Etapa de transcrição reversa (“transformar” o RNA do vírus em DNA);
4. Etapa de amplificação – aumentar a quantidade de DNA na amostra (realiza-se uma PCR); (transcrição reversa + PCR leva em torno de 5h);
5. Preparo de biblioteca: o DNA amplificado da etapa anterior passa por processos de preparação para que consiga ser sequenciado (leva em torno de 8h);
6. Amostras são colocadas no sequenciador. O tempo de sequenciamento varia conforme o número de amostras (por enquanto é de 8h para a média de 12 amostras);
7. São realizadas as análises bioinformáticas em programas/softwares de computador ou plataformas online que determinam a qualidade do resultado e qual a variante.

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